净化车间装修工程洁净度不合格的原因是多方面的，但究其根源，无外乎以下几种情况：
一、洁净车间装修工程设计不合理
洁净车间工程设计一般都有专业的设计院或洁净工程公司来承接，很少出现设计问题不合理的原因，主要是一些不正规的公司，没有承接无尘室的资质，设计不合理，在施工中偷工减料，使用的设备不合适，造成无尘室洁净度不合格。另一个原因是，公司的套用方案，不符合生产要求，在设计上有缺陷，导致清洁度不合格。
二、空调系统检测时净化自净时间不足
洁净车间工程在正常运行30min后开始进行验证工作，运行时间过短将严重影响净化效果，需延长系统净化时间。
三、洁净车间清洁不彻底
洁净车间装修工程在验证之前，应对无尘车间进行全面的清洁，所有员工穿戴干净的服装进入车间，对车间进行清洗消毒，确保车间的洁净度。
四、空调系统清洁不彻底
净化车间工程净化系统不进行清洗，均会影响空气洁净等级。普通空调系统不是一次安装完，多次安装必然有一些污染物留在风管之中，如果不清理干净，就会直接影响空气的清洁度，所以在安装过程中要边施工边清洗，并在验证之前进行24小时空吹。
五、过滤器实验不当
无尘室工程不同的清洁程度要求使用不同的装修材料，如果无尘室的清洁程度较高，使用低档材料，则自然达不到清洁程度标准，特别是过滤器的选择，要根据洁净度标准，选择合适的过滤器标准。
六、送气管道或过滤器密封不良
无尘室工程如果施工比较粗糙，在验收时就会出现局部不符合洁净等级的情况，一般是风管和过滤器的问题，要找准漏点，找准漏点，密封好。
七、回风管或回风设计、调试不佳。
回风系统的设计问题也会影响空气清洁度，如果没有设计好，就需要做好调试工作，减少回风阻力，回风量要比送风量大，另外回风高度也会影响洁净度。
